Sejak Seksyen 10, Artikel XII Perlembagaan Filipina melarang pemilikan 100% asing dari perniagaan berdaftar Filipina,[11] Pelabur Malaysia Tony Fernandes mengadakan usaha sama 40-60 dengan sekumpulan ahli perniagaan Filipina, dengan 40% milik Filipina AirAsia dan 60% untuk Malaysia AirAsia. Permohonan usaha sama itu diluluskan pada 7 Disember 2010 oleh Lembaga Pelaburan Filipina.

Pada 15 Ogos 2011, AirAsia Filipina menghantar pesawat pertama,[12] Airbus A320 yang baru yang tiba di Clark International Airport di Clark, Angeles City, Pampanga. Pada 8 November 2011, AirAsia Filipina melancarkan A320 keduanya.

Pada 7 Februari 2012, syarikat penerbangan tersebut menerima Sijil Pengendali Udara[13] dari Civil Aviation Authority of Filipina yang memberikan kebenaran kepada syarikat penerbangan untuk terbang di ruang udara Filipina.

Pada 8 April 2012, Filipina AirAsia bekerjasama dengan Victory Liner, salah satu syarikat bas provinsi terbesar yang beroperasi di Filipina, untuk menyediakan perkhidmatan ulang-alik percuma untuk penumpang masuk dan keluar dari Lapangan Terbang Antarabangsa Clark.[14]

Pada 11 Mac 2013, perjanjian dibuat antara AirAsia Filipina untuk menukar saham dengan syarikat penerbangan yang berpangkalan di Filipina Zest Airways. Zest Airways menerima gabungan wang tunai $ 16 juta dan bahagian 13% dalam AirAsia Filipina, sementara AirAsia Filipina kini memiliki 85% daripada Zest Airways, dengan 49% hak suara. Pertukaran saham juga memberi AirAsia Filipina akses ke Lapangan Terbang Antarabangsa Ninoy Aquino, yang memungkinkan pertumbuhan rangkaian laluannya lebih jauh. Perjanjian itu ditutup pada 10 Mei 2013, dan pada tahun 2015, kedua-dua syarikat penerbangan itu digabungkan secara rasmi untuk membentuk AirAsia Filipina.[8][15]

Pada 30 Julai 2016, Ketua Pegawai Eksekutif Kumpulan AirAsia Tony Fernandes melantik Kapten Dexter Comendador sebagai Ketua Pegawai Eksekutif syarikat yang baru. Comendador bergabung dengan Philippines AirAsia pada tahun 2011 sebagai pengarah Operasi Penerbangan, dan dinaikkan pangkat menjadi ketua pegawai operasi pada tahun 2015 sebelum pelantikannya.[16] Comendador juga terkenal dalam komuniti penerbangan Filipina sebagai salah satu juruterbang pahlawan Penerbangan Filipina 434 yang dibom oleh pengganas Ramzi Yousef pada tahun 1994.